Có một điều rất đơn giản nhưng lại ít được quan tâm: đó là vấn đề thoát nước ở điều hoà. Trong quá trình làm lạnh khí (ở dàn lạnh), hơi nước ngưng tụ và hoá lỏng, vì vậy phải có đường thoát nước từ dàn lạnh ra. Nhiều người không chú ý, thậm chí không biết đến vấn đề này nên khi lắp đặt điều hoà, không biết thoát nước đi đâu – nhất là khi dàn lạnh ở phía tường trong, không tiếp cận với hệ thống thoát nước nào hoặc đi ra ngoài mặt thoáng rất xa. Khác với ống bảo ôn thường đi trên cao (do dàn nóng và dàn lạnh đều treo cao), ít bị ảnh hưởng và có thể chấp nhận đi nổi trong trường hợp bất đắc dĩ; thì ống thoát nước lại phải thấp dần để đảm bảo chiều dốc. Vì lẽ đó, nếu không thiết kế trước hệ thống thoát nước và đặt ống ngầm chờ sẵn thì rất khó khăn, ảnh hưởng thẩm mỹ và cả vấn đề sử dụng nếu như ống thoát nước nổi trong không gian sử dụng. Nước thoát điều hoà là nước lạnh, vậy khi đi ngầm trong tường nhất thiết phải được bọc lớp bảo ôn bằng cao su để tránh quá trình trao đổi nhiệt, ngưng tụ tiếp trong lòng tường, dễ gây mốc tường hoặc thay đổi nhiệt độ, làm co ngót gây nứt tường.

Nước điều hoà có thể thoát về các hệ thống thoát mái, thoát chậu – sàn vệ sinh hoặc thoát chậu rửa bếp, tuỳ theo vị trí của dàn lạnh (liên quan tới dàn nóng). Tốt nhất là thoát nước trực tiếp vào các hệ thống ống, không nên để thoát ra sàn (logia, vệ sinh). Điều kiện lý tưởng là dàn nóng để ở logia, dàn lạnh ở mặt trong tường phòng tiếp xúc với logia, như vậy khoảng cách và chiều cao rất thuận tiện; và khi đó nước thoát điều hoà từ dàn lạnh sẽ đi xuyên tường ra ngoài logia, đấu nối vào hệ thống thoát mái theo trục đứng, cùng đón thoát sàn logia. Trong những trường hợp công trình không có bancông, logia cùng hệ thống thoát nước đứng, hoặc cục bộ vị trí phòng đó có tường liền với không gian bên ngoài; thì cần thoát nước điều hoà về các hệ thống thoát nước gần nhất (như vệ sinh), không được để nước chảy tự do ra ngoài. Và một điều lưu ý cuối cùng, đơn giản nhất nhưng rất quan trọng là hệ thống ống thoát nước của điều hoà phải được lắp đặt đảm bảo độ dốc thoát nước.